员工工资若存在偷税漏税行为，公司将面临以下法律风险：
1. 可能被处以高额罚款及滞纳金。例如，某公司通过个人账户发放部分工资，未并入总额申报个税，经税务机关查实后，需补缴100万元税款，同时被处50万元罚款，并按日加收万分之五的滞纳金，经济损失巨大。
2. 相关责任人可能构成逃税罪并承担刑事责任。比如，某公司财务总监指使会计虚增费用、隐瞒工资收入逃税，且数额较大占应纳税额10%以上，该财务总监和会计因此被追究刑责。
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员工工资偷税漏税属违法行为，公司及相关责任人需承担法律责任。以下分情况具体分析：
1. 公司若故意隐瞒员工工资收入或虚假申报个税（如拆分工资到多个账户发放），将面临补税、滞纳金及罚款；情节严重的，可能构成逃税罪。
2. 员工若明知公司偷税漏税仍配合（如提供虚假信息协助逃税），也需承担法律责任，税务机关可对其处以罚款。
3. 公司因财务人员操作失误导致个税申报错误，并非故意偷税漏税的，经税务机关核实后，需及时补税和滞纳金，但可能不被认定为偷税漏税而免予罚款。
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处理员工工资偷税漏税问题时，需避免以下错误操作：
1. 拖延不报或隐瞒情况：发现问题后不及时处理反而拖延、隐瞒，会导致税务机关查处时面临更重处罚，如更高罚款和滞纳金。
2. 销毁或篡改财务证据：试图通过销毁工资发放记录、税务凭证等逃避责任，不仅无法掩盖违法事实，还可能构成毁灭证据罪，面临更严厉制裁。
3. 与员工私下达成协议：公司与员工约定不申报或少申报工资个税，此类协议因违法无效；一旦被税务机关发现，双方仍需承担相应法律责任。 若不确定处理方式是否正确，可咨询我为您提供解答，避免因操作失误扩大损失。
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员工工资偷税漏税问题的处理，还可能受以下特殊或例外情形影响：
1. 税法政策变动。若处理期间国家修订个人所得税法（如调整税率、扣除项目等），可能影响应补税款计算及处罚标准。例如，新政策提高个税起征点后，此前未达原起征点但按新政策需纳税的工资部分，处理方式可能不同。
2. 公司分支机构多且工资发放主体不明确。当公司有多个分支机构，员工工资由不同分支机构交叉发放时，易出现部分工资未合并申报个税的情况。此时税务机关需理清各分支机构责任，会增加处理复杂性和时间成本，且可能因责任划分不清导致处罚结果差异。

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